Die reproduktiven Funktionen des Mannes unter natürlichen und krankhaften Bedingungen stellen einen wichtigen Schwerpunkt der Andrologie dar. Als Partner des reproduktionsmedizinischen Gynäkologen können Andrologen wesentlich in der Erkennung und Behandlung von Störungen der Zeugungsfähigkeit des Mannes ärztlich tätig werden. Bei entsprechender Indikation können die Chancen auf Vaterschaft durch Hormongaben oder Antibiotika-Behandlung verbessert bzw. herbeigeführt werden. Eingehende Kenntnisse der Einflüsse von Umweltfaktoren (z.B. am Arbeitsplatz) sind zur Erkennung möglicher dadurch verursachter Fertilitätsstörungen erforderlich. Da auch Erkrankungen anderer Organsysteme wie z.B. Herz-Kreislauf, Leber, Niere zu Störungen der Zeugungsfähigkeit führen können, muss der Androloge in der Lage sein, derartige Erkrankungen zu erkennen.

Nach den Richtlinien der Bundesärztekammer zur assistierten Reproduktion müssen Andrologen heute in jedes reproduktionsmedizinische Team integriert sein, so dass die Kinderwunschbehandlung immer eine interdisziplinäre Aufgabe für Gynäkologen und Andrologen ist. Gerade im Zusammenhang mit den Verfahren der assistierten Reproduktion ist eine gründliche Kenntnis genetischer Ursachen männlicher Fertilitätsstörungen unabdingbar, da diese eventuell mit Hilfe der assistierten Fertilisation auf Nachkommen übertragen werden können.